Istnieją dwa podstawowe wskazania do włączenia diety bezglutenowej: potwierdzona celiakia oraz potwierdzona alergia na gluten. W praktyce, oprócz zalecenia diety bezglutenowej, często spotyka się sugestie dodatkowego wyeliminowania z diety mleka, lub przynajmniej samej laktozy.

Schorzenia trzustki są na szczęście rzadkim problemem u dzieci. Najczęstszą przyczyną zaburzeń wytwarzania enzymów trzustkowych (co wymaga modyfikacji diety) jest mukowiscydoza. Innymi przyczynami są przewlekłe, nawracające zapalenia trzustki o etiologii innej niż mukowiscydoza, a także schorzenia związane z patologią dróg żółciowych- podrażnienie trzustki w przebiegu kamicy żółciowej lub zaburzenia czynnościowe nazywane dyskinezą zwieracza Oddiego.

Zaparciem nazywamy stan, w którym dziecko oddaje twarde stolce z częstością 2 lub mniej stolców na tydzień, lub gdy większość stolców jest twardych i oddawanych z dużym wysiłkiem.

Kamica moczowa jest stanem chorobowym, w przebiegu którego w nerce lub w drogach moczowych tworzą się złogi różnych substancji chemicznych. Najczęstsze są złogi wapniowo-szczawianowo-fosforanowe. Rzadziej występują kamienie moczanowe i struwitowe.