Przeszczep szpiku kostnego jest w stanie poprawić przebieg wielu chorób autoimmunologicznych, ale z powodu swojej inwazyjności nie jest oczywiście procedurą leczniczą w tych chorobach. Zdarzają się jednak przypadki przeszczepu szpiku, wykonywanego z innych przyczyn (najczęściej chorób nowotworowych krwi), które dotyczą pacjentów ze współwystępującymi innymi chorobami. Przykładem może być bardzo ciekawy opis przypadku 12-letniej dziewczynki chorej na celiakię, u której rozpoznano ostrą białaczkę. Z tego powodu wykonano u niej przeszczep szpiku z użyciem komórek macierzystych pobranych od zdrowego dawcy. Oprócz uzyskania remisji białaczki stwierdzono ustąpienie nietolerancji glutenu.