Prebiotyki zawarte w pokarmie są fundamentem, na którym buduje się prawidłowy skład flory jelitowej. Z kolei skład flory jelitowej ma decydujące znaczenie dla prawidłowości rozwoju układu immunologicznego, ponieważ właśnie jelita mają ogromne znaczenie w dojrzewaniu limfocytów i kształtowaniu równowagi pomiędzy różnymi frakcjami układu odpornościowego.

Podejrzewa się, że większa zdrowotność dzieci karmionych wyłącznie piersią ma duży związek z prebiotycznymi oligosacharydami zawartymi w mleku matki. To właśnie działanie mleka matki stara się naśladować technologia żywienia, dodając do mieszanek mlecznych dla dzieci zdrowych i chorych odpowiednie ilości galaktooligosacharydów i fruktooligosacharydów (GOS i FOS).