Prebiotyki stymulują wzrost wybranych szczepów bakteryjnych, zwłaszcza z grupy Lactobacilli. Z kolei o bakteriach tych wiadomo, że mają korzystny wpływ na czynność przewodu pokarmowego i dojrzewanie układu immunologicznego. Z tego powodu wysunięto koncepcję, że dodatek prebiotyków do mieszanek mlecznych może mieć korzystne działanie zmniejszające ryzyko rozwoju alergii.

W roku 2006 opublikowano ważną pracę potwierdzającą taki korzystny efekt profilaktyczny prebiotyków. Wykazano w niej, że GOS/FOS w dawce 0,8 g na 100 ml, dodany do standardowego hydrolizatu serwatkowego, stosowanego u dzieci obciążonych dużym ryzykiem alergii, powodował ponad dwukrotne zmniejszenie ryzyka rozwoju atopowego zapalenia skóry w badanej grupie dzieci.