Wykrycie we krwi pacjenta materiału genetycznego wirusa jest najbardziej przekonującym i najpewniejszym dowodem obecności aktywnego zakażenia. Z tego powodu badanie metodą PCR, wykrywające DNA wirusa HBV (HBV-DNA), jest wykorzystywane do potwierdzania obecności aktywnego, mnożącego się we krwi (czyli "replikującego") wirusa.

Badanie HBV-DNA pozwala także na ocenę ilościową, czyli dokładne określenie jaka liczba kopii wirusa znajduje się w każdym mililitrze krwi pacjenta. Jest to ważne przy kwalifikowaniu chorego do leczenia interferonem lub lamiwudyną, a także do monitorowania leczenia. Wadą badania PCR jest stosunkowo wysoka cena.

Ze względu na podatność na błędy metody, aby badanie było wiarygodne, powinno być wykonywane w laboratoriach doświadczonych w metodyce PCR, ściśle przestrzegających metodyki oznaczeń.