Ujemny wynik HBeAg należy traktować jako wynik korzystny dla pacjenta. U pacjenta, u którego istniały wątpliwości co do samego faktu zakażenia wirusem HBV, stwierdzenie ujemnego HBeAg przemawia przeciwko rozpoznaniu zakażenia, aczkolwiek zdarzają się mutanty wirusa HBV nie wytwarzające antygenu rdzeniowego HBe. W takiej, wyjątkowej sytuacji, pacjent będąc zakażony może mieć ujemny wynik HBeAg. U pacjenta HBs-dodatniego, u którego potwierdzono już wcześniej zakażenie wirusem HBV, stwierdzenie ujemnego antygenu HBe jest dowodem na dokonaną tzw. serokonwersję w układzie "e", czyli na powstrzymanie rozmnażania się wirusa. Niestety nie zawsze jest to efekt trwały. Możliwy jest nawrót replikacji wirusa i ponowne pojawienie się we krwi antygenu HBeAg.