Podwyższenie aktywności fosfatazy alkalicznej występuje w wielu stanach chorobowych kości, wątroby i jelit. Dla zróżnicowania tych schorzeń najlepiej byłoby oznaczyć tzw. izoenzymy, czyli zrobić rozdział całkowitej fosfatazy na opisane powyżej frakcje.

Najczęstsze przyczyny zwiększenia aktywności fosfatazy alkalicznej to krzywica, osteoporoza, zaburzenia w odpływie żółci (cholestaza), uszkodzenie wątroby, zespół złego wchłaniania z uszkodzeniem kosmków jelitowych, nadczynność tarczycy i wiele innych.

Interpretując wynik FA należy pamiętać, że enzym ten fizjologicznie wykazuje większą aktywność u dzieci w okresie intensywnego wzrostu oraz np. po nasłonecznieniu.

Zawsze należy używać norm dla poszczególnych grup wiekowych, ponieważ u dzieci aktywność FA może być nawet 3-5 razy wyższa niż u dorosłych. Normy mogą się różnić pomiedzy poszczególnymi laboratoriami w zależności od stosowanej metodyki i rodzaju zestawu do badań enzymatycznych. Z tego powodu interpretując wynik należy go odnosić do norm obowiązujących w danym laboratorium.