Podstawą rozpoznania mukowiscydozy są typowe objawy kliniczne oraz podwyższony poziom chlorków w pocie (dodatnia próba potowa). Zgodnie z aktualnym stanowiskiem grup ekspertów, każdy dodatni wynik prób potowych powinien pociągać za sobą wykonanie badania genetycznego ukierunkowanego na wykrycie mutacji genu CFTR. Uwaga! Identyfikacja mutacji CFTR w dwóch allelach jest potwierdzeniem mukowiscydozy, ale ujemny wynik badania genetycznego nie wyklucza choroby ze 100% pewnością (możliwe rzadkie mutacje nie oznaczane w rutynowym panelu badań).