Pomimo dużego odsetka dzieci wykazujących kolonizację tą bakterią, co sugeruje fizjologiczny mechanizm tego zjawiska, obecność pneumokoków w drogach oddechowych wiąże się z ryzykiem rozwoju tzw. inwazyjnej choroby pneumokokowej, czyli poważnego zakażenia ogólnoustrojowego. Podatne na takie zakażenia są zwłaszcza dzieci z tzw. grup ryzyka oraz dzieci świeżo zakażone drogą kropelkową od innych dzieci (żłobek, przedszkole, starsze rodzeństwo).

Samo stwierdzenie pneumokoka w wymazie z gardła lub nosa nie stanowi wskazania do leczenia antybiotykiem ani do szczepienia dziecka przeciwko pneumokokom. Należy natomiast przeanalizować, czy dane dziecko nie należy przypadkiem do grupy zwiększonego ryzyka poważnych zakażeń pneumokokowych, lub czy w otoczeniu dziecka nie ma innych (zwłaszcza młodszych) dzieci podatnych na poważne zakażenia pneumokokowe.