Zakażenia pneumokokowe przebiegają w postaci zlokalizowanej, jako zapalenie ucha środkowego, zapalenie zatok, lub zapalenie płuc, albo w postaci poważnej uogólnionej choroby inwazyjnej, takiej jak posocznica, zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych, czy ropne zapalenie stawów. Zakażenia pneumokokowe występują szczególnie często w tzw. grupach ryzyka, które powinny być objęte szczególną ochroną, w tym ewentualnymi szczepieniami ochronnymi.