Prawidłowo w nabłonku jelita cienkiego znajdują się niewielkie ilości limfocytów T. Zwykle jest ich około 10-20 na każde 100 komórek nabłonka (enterocytów). Zwiększenie się tej liczby jest uważane za wczesną i specyficzną dla celiakii reakcję układu immunologicznego spowodowaną nadwrażliwością na gluten.

Za szczególnie typowe uważa się zwiększenie odsetka limfocytów posiadających antygeny powierzchniowe gamma/delta, ale oznaczanie tych antygenów jest kłopotliwe i kosztowne. Z tego powodu wiekszość badań rutynowo poprzestaje na policzeniu indeksu IEL, czyli proporcji limfocytów śródnabłonikowych do komórek jelitowych (enterocytów).

Górną granica normy tego indeksu jest (według różnych źródeł) 30 lub 40 IEL na 100 enterocytów.

Jeżeli śluzówka jelita jest zupełnie prawidłowa, a obecne są jedynie wzmożone nacieki IEL, określa się to jako 1 stopień wg Marsha. Nie jest to jeszcze obraz specyficzny dla celiakii, ale wymaga okresowej obserwacji. Współistnienie nacieków IEL z pogłębieniem krypt jelitowych jest klasyfikowane jako 2 stopień wg Marsha i jest to obraz uważany za istotne podejrzenie celiakii. 3 stopień wg Marsha są to histopatologiczne cechy zaniku kosmków - obraz, który jeżeli towarzyszą mu wzmożone nacieki IEL oraz pogłębienie krypt jelitowych, jest uważany za całkowicie specyficzny dla celiakii.