Należy podkreślić, że nadal do rozpoznania celiakii konieczny jest wynik badania mikroskopowego wycinka z dwunastnicy i/lub jelita cienkiego. Obraz widziany przez endoskopistę nie może zastąpić badania mikroskopowego i w żadnym wypadku nie upoważnia do zastosowania diety bezglutenowej. Tym niemniej jest faktem, że typowy dla celiakii zanik śluzówki jelita może dać charakterystyczne zmiany endoskopowe, które dla doświadczonego gastroenterologa mogą być ważną wskazówką.

Za najbardziej typowe zmiany uważa się nieobecność fałdów lub fałdy spłaszczone i poszerzone (porównywane do muszli małża). Często w celiakii są też nadmiernie widoczne podśluzowe naczynia krwionośne a śluzówka jelita przypomina mozaikę.