Udowodniono, że u pacjentów z celiakią oraz u ich najbliższych krewnych znamiennie częściej występują pewne typy tzw. antygenów zgodności tkankowej, określane z angielskiego skrótem HLA.

W szczególności dotyczy to dwóch antygenów nazywanych DQ2 i DQ8. Należy jednak podkreślić, że według aktualnych kryteriów diagnostycznych nie zaleca się rutynowego wykonywania badań HLA u pacjentów z podejrzeniem celiakii. Oznaczenie przeciwciał IgA-EmA i/lub tTG oraz wykonanie biopsji jelitowej wystarczają zwykle do jednoznacznego postawienia rozpoznania.

Badanie genetyczne może być przydatne w sytuacjach wątpliwości diagnostycznych oraz przy badaniu predyspozycji genetycznej członków rodziny chorego z potwierdzoną celiakią.

Wyniki badań genetycznych zawsze należy interpretować bardzo ostrożnie, ponieważ układ HLA to jedynie ogólna predyspozycja genetyczna a nie konkretny „zdefektowany” gen. Szacuje się, że około 15-20% ludzi jest nosicielem układu HLA-DQ2/DQ8 pomimo, że nie mają oni celiakii.