Badanie przeciwciał IgA-EmA jest często stosowane w praktyce jako test przesiewowy w kierunku celiakii. Ujemny wynik badania jest traktowany jako wynik prawidłowy, wykluczający celiakię. Niestety nie zawsze jest to prawda. Test IgA-EmA może dać wynik ujemny, pomimo że pacjent ma celiakię.

Dotyczy to zwłaszcza pacjentów ze współistniejącym niedoborem immunoglobulin w klasie A oraz u dzieci do drugiego roku życia, a także u dzieci, u których wcześniej stosowano przez pewien czas dietę bezglutenową. Istnieje też duża grupa pacjentów nazywanych "leniwcami immunologicznymi", to znaczy takich, którzy wytwarzają przeciwciała dopiero wiele miesięcy po powstaniu zaniku jelita.

Należy też pamiętać, że możliwy jest wynik „fałszywie ujemny” spowodowany błędem laboratoryjnym. Europejskie badania polegające na wysyłaniu zakodowanych próbek tego samego pacjenta do różnych laboratoriów wykazały, że zgodność wyników IgA-EmA pomiędzy różnymi laboratoriami wynosi niecałe 90%.