Istnieją dzieci, które nie tolerują nadmiaru laktozy. Nietolerancja może być stała (stosunkowo rzadkie) lub przejściowa. Przejściowa nietolerancja laktozy jest częstym stanem u dzieci w ostrej fazie różnych chorób przewodu pokarmowego. Najczęściej wymienia się następujące choroby:

• ciężkie enteropatie (ostra faza celiakii, nasilona alergia pokarmowa z uszkodzeniem śluzówki jelit, choroba Leśniowskiego-Crohna)
• masywne zakażenia pasożytnicze przewodu pokarmowego (np. lamblioza lub tasiemczyca)
• stan po stosowaniu leków uszkadzających śluzówkę jelit
• po niektórych infekcjach jelitowych (możliwe u części dzieci po biegunce rotawirusowej).

Przy niedostatecznej aktywności enzymu laktazy niestrawiona laktoza przechodzi do dalszych odcinków przewodu pokarmowego gdzie ulega fermentacji bakteryjnej z wytworzeniem dużej ilości gazów oraz substancji drażniących ściany jelita. Powoduje to powstanie takich objawów jak: wzdęcie, ból brzucha, uczucie przelewania w jelitach, oddawanie luźniejszych, pienistych, kwaśnych stolców. Są to tzw. stolce fermentacyjne - często silnie drażnią one skórę okolicy odbytu bardzo szybko powodując masywne odparzenia.