Wszelkie odchylenia od normy płynu owodniowego mogą stanowić sygnał o występowaniu jakiejś nieprawidłowości. Prawidłowe wody płodowe mają kolor jasny i są przejrzyste. Zielone wody płodowe mogą świadczyć o podbarwieniu ich smółką. W przypadku, gdy dojdzie do niedotlenienia płodu, wydala on smółkę wewnątrzmacicznie powodując zanieczyszczenie wód, co w rezultacie daje ich zielonkawe zabarwienie. W zależności od ilości wydalonej smółki wody mogą być mniej lub bardziej zagęszczone. Zielone wody płodowe często występują w ciążach przenoszonych. W przypadku konfliktu serologicznego wody mogą mieć kolor bursztynowy. Brunatne, brudne, podbarwione krwią wody płodowe stwierdzić można w przypadku wewnątrzmacicznego obumarcia płodu. Ilość płynu owodniowego w pewnej mierze uzależniona jest od czasu trwania ciąży. Zarówno zbyt mała (małowodzie) jak i nadmierna (wielowodzie) ilość płynu owodniowego może sugerować o występowaniu wad rozwojowych u płodu. Wszelkie nieprawidłowości płynu owodniowego stanowią poważne rokowanie dla płodu i noworodka.