Objawy zaparć nawykowych (nazywanych niekiedy "czynnościową retencją kału") mogą dotyczyć dzieci w praktycznie każdym wieku - od niemowlaka do nastolatka. Podłożem zaburzeń jest powtarzające się unikanie defekacji pomimo nagromadzenia mas kałowych w bańce odbytnicy. Przyczyną jest albo strach przed bólem związanym z przechodzeniem mas kałowych przez kanał odbytu (typowe dla mniejszych dzieci), albo świadome przetrzymywanie stolca w celu wypróżnienia się dopiero w domu, gdy dziecko odczuwa wstyd lub obrzydzenie do korzystania z ubikacji w przedszkolu lub w szkole.

Istnieją dwa typowe momenty w życiu dziecka, stwarzające zagrożenie powstania zaparć nawykowych:

1) Rozpoczęcie nauki świadomego oddawania stolca na nocnik lub do ubikacji
2) Rozpoczęcie zajęć w przedszkolu lub w szkole

Jelito grube i odbytnica potrafią szybko i skutecznie zaadaptować się do zwiększonej ilości zalegającego stolca poprzez rozluźnienie napięcia mięśniówki jelit i zmniejszenie czucia wypełnienia odbytnicy. Ten mechanizm jest bardzo przydatny w przypadkach incydentalnej potrzeby powstrzymania defekacji, ale gdy dziecko regularnie przetrzymuje stolec, doprowadza to do utrwalonego rozdęcia odbytnicy, połączonego ze zmniejszeniem czucia wypełnienia jelita.

Ponadto zbyt długo zalegający stolec dodatkowo zagęszcza się (jelito grube bardzo skutecznie wchłania wodę ze stolca), co powoduje ból przy próbie defekacji zbitego stolca, będący dodatkowym czynnikiem zniechęcającym dziecko do regularnego korzystania z ubikacji.

W skrajnych przypadkach dochodzi do ogromnego rozdęcia i znieczulenia odbytnicy z zaleganiem mas kałowych, które drażnią ściany jelita powodując powstanie płynnego wysięku wyciekającego z odbytu w sposób niekontrolowany (codzienne brudzenie bielizny). W tej fazie choroby dziecko często nie potrafi już samodzielnie opróżnić odbytnicy i jest uzależnione od wlewek doodbytniczych lub innych środków przeczyszczających.