Leczenie azs jest procesem długotrwałym i wymagającym współpracy pacjenta z grupą specjalistów. Dotyczy to zarówno ustalenia diety oraz leczenia zmian skórnych w okresie zaostrzeń jak i profilaktyki w okresie ustąpienia zmian  Leczenie miejscowe obejmuje stosowanie preparatów poprawiających natłuszczenie i nawilżenie skóry, działających jednocześnie przeciwświądowo (np. maści zawierające Eucerynę) i odżywczo (np. witamina A). W okresie zaostrzeń stosuje się kremy lub maści zawierające sterydy, należy jednak zachować dużą ostrożność i stosować je na niewielkich powierzchniach.

Nigdy nie należy samodzielnie (bez konsultacji z lekarzem) stosować u dziecka preparatów zawierających sterydy, są to bowiem preparaty, które (zwłaszcza przy długotrwałym stosowaniu) mogą spowodować różne powikłania zarówno skórne, jak i ogólnoustrojowe.

Od niedawna istnieją na rynku także nowoczesne preparaty niesterydowe (substancja czynna: takrolimus lub pimekrolimus), stosowane w leczeniu atopowego zapalenia skóry. Są to preparaty dostępne tylko na receptę i ich zastosowanie musi być poprzedzone konsultacją z lekarzem. Należy pamiętać, że nie są to cudowne leki, które mogą w każdym przypadku zastąpić maści sterydowe. Podobnie jak sterydy są to preparaty o bardzo silnym działaniu biologicznym, które nie powinny być stosowane przewlekle (usposabiają np. do zakażeń wirusem opryszczki i zakażeń gronkowcem).

Aktualnie nie zaleca się powszechnego stosowania tych preparatów u dzieci poniżej 2 r.ż., bowiem trwają dopiero badania nad ich bezpieczeństwem w tej grupie wiekowej.

Leczenie atopowego zapalenia skóry obejmuje działania profilaktyczne (np. eliminacja alergenów z otoczenia dziecka), zapobiegające zaostrzeniom, których przestrzeganie jest równie ważne jak stosowanie diety i preparatów leczniczych na skórę. Z prostych metod domowych należy pamiętać o ograniczeniu lub rezygnacji z kosmetyków (mydła, płyny do kąpieli, oliwka) oraz o zastąpieniu proszku do prania płatkami mydlanymi.