U dziecka w przebiegu choroby (zazwyczaj gorączkowej) pojawia się obrzęk i zaczerwienienie jamy ustnej oraz bolesność, występująca przede wszystkim podczas jedzenia. Często, jeśli przyczyną jest wirus opryszczki, występuje ból, zaczerwienienie dziąseł oraz charakterystyczne drobne, bolesne pęcherzyki, pękające w ciągu kilku godzin i pozostawiające nadżerki.

U noworodków najczęściej występuje pleśniawkowe zapalenie jamy ustnej spowodowane przez drożdżaki, charakteryzujące się białymi nalotami podobnymi do kożucha mleka na języku i podniebieniu.