Pierwotne zaburzenia odporności są trwałym przeciwwskazaniem do szczepienia szczepionkami żywymi (gruźlica, odra, świnka, różyczka, polio doustne, ospa wietrzna i inne). Można natomiast bez obaw podawać szczepionki inaktywowane (zabite). Trwałym przeciwwskazaniem do szczepionek żywych jest także stan po usunięciu śledziony. Ciężkie choroby upośledzające odporność oraz stosowanie cytostatyków lub kortykosterydów w dużych dawkach jest czasowym przeciwwskazaniem do szczepień żywymi szczepionkami. Zazwyczaj odracza się także pozostałe szczepienia, ponieważ leki immunosupresyjne znacznie zmniejszają odpowiedź immunologiczną i szczepienie może być nieefektywne, a w wielu chorobach autoimmunologicznych nadmierna stymulacja antygenowa może spowodować nawet nasilenie objawów choroby. Wyjątkiem jest szczepienie przeciwko wzw B, które jest gorąco rekomendowane wszystkim pacjentom zaczynającym leczenie ciężkich, przewlekłych chorób (jak np. białaczka), ponieważ są to pacjenci z grupy ryzyka zakażeń wewnątrzszpitalnych.