Zbyt krótkie odstępy pomiędzy szczepieniami mogą spowodować, że szczepienie nie będzie skuteczne. Podobny skutek może mieć nie wykonanie kolejnego szczepienia w odpowiednim czasie. Istnieją wyznaczone reguły postępowania w tym zakresie. Podstawową regułą jest, że odstępów pomiędzy szczepieniami nie należy skracać. Pomiędzy dwoma szczepieniami z użyciem tzw. szczepionek żywych (gruźlica, odra, świnka, różyczka, ospa) odstęp musi wynosić co najmniej 6 tygodni. Przy pozostałych szczepionkach odstęp powinien wynosić co najmniej 4 tygodnie. Wydłużanie odstępów pomiędzy szczepieniami zwykle nie osłabia skuteczności szczepienia, ale mimo to jest niekorzystne, ponieważ zaburza wyznaczony w kalendarzu rytm czasowy poszczególnych szczepień.