Przeciwwskazaniem czasowym do szczepienia BCG jest: ciężki stan noworodka, w tym również infekcja o ciężkim przebiegu, białaczki i chłoniaki, leczenie immunosupresyjne (szczepienie można wykonać nie później niż dwa tygodnie przed rozpoczęciem leczenia oraz nie wcześniej niż trzy miesiące – zazwyczaj 12 miesięcy po jego zakończeniu), schorzenia w wyniku których dochodzi do przejściowej anergii z ujemnym odczynem tuberkulinowym (odra, różyczka, ospa wietrzna, krztusiec, Mycoplasma pneumoniae). Względnym przeciwwskazaniem- decyzja należy do lekarza- jest wcześniactwo z niską masą urodzeniową (poniżej 2000 g), wiek ciążowy poniżej 32 Hbd, powstanie keloidu po wcześniejszym szczepieniu.

Do przeciwwskazań trwałych należą: pierwotne zaburzenia odporności, stan po splenektomii, kliniczne objawy AIDS (ale nie HIV), przebyta gruźlica, dodatni odczyn tuberkulinowy.

Wiele wątpliwości i niejednokrotnie obaw wiąże się ze szczepieniem przeciwkrztuścowym. Nie powinno się szczepić dzieci: z postępującymi schorzeniami OUN oraz w trakcie diagnostyki neurorozwojowej tych chorób, z wrodzonymi defektami metabolicznymi przebiegającymi z uszkodzeniem OUN, przy podejrzeniu encefalopatii padaczkowej. Szczepienie należy przerwać gdy po poprzednim szczepieniu wystąpiły niepożądane odczyny w postaci:

1. zaburzeń świadomości, ogniskowych zaburzeń neurologicznych, drgawek z lub bez gorączki do 72 godzin po szczepieniu
2. płacz lub krzyk (tzw. mózgowy o wysokich tonach) trwający ponad trzy godziny
3. reakcja hipotensyjno-hiporeaktywna lub omdlenie do trzech dni po szczepieniu
4. gorączka powyżej 39ºC do 48 h
5. reakcja anafilaktyczna w ciągu 24 h

Należy zaznaczyć, że przeciwwskazania do szczepienia szczepionką acelularną są takie same jak szczepionką komórkową.

W przypadku przeciwwskazań do szczepienia przeciw krztuścowi niemowlęta szczepi się szczepionką DT. W sytuacji gdy zaczęto szczepić postacią komórkową można kontynuować szczepienie postacią bezkomórkową.

Przeciwwskazania do OPV są takie same jak  wyżej wspomniane przeciwwskazania do szczepionek żywych. Ponadto  przewlekłe biegunki i zespoły złego wchłaniania (uszkodzenie bariery jelitowej) oraz alergia na neomycynę. Ostra biegunka może spowodować nieskuteczność szczepienia jest więc czasowym przeciwwskazaniem. W przypadku trwałych przeciwwskazań do OPV należy zastosować IPV (przeciwwskazaniem do zastosowania tej szczepionki jest alergia na streptomycynę).Szczepienie OPV może być wykonywane u dzieci karmionych piersią.

Do szczepień przeciwko odrze przeciwwskazaniem jest uprzednio stwierdzona alergia na neomycynę i białko jaja kurzego. Nie powinno szczepić się niemowląt poniżej 9 miesiąca życia, u których utrzymujące się przeciwciała matczyne mogłyby uniemożliwić wytworzenie odpowiedzi poszczepiennej. Wymienione zastrzeżenia odnoszą się również do szczepionek przeciwko śwince i różyczce oraz poliwalentnej szczepionki przeciwko tym trzem chorobom. Przechorowanie odry, świnki czy różyczki nie stanowi przeciwwskazania do szczepienia. Dziecko powinno zostać zaszczepione po dwóch miesiącach od wyzdrowienia.

Nie powinno się odstępować od szczepień ochronnych przy:

1. łagodnych infekcjach przebiegających bez gorączki
2. w przewlekłych stabilnych schorzeniach układu wewnątrzwydzielniczego, nerek, wątroby, serca (zaostrzenie tych chorób jest podstawą do odroczenia szczepienia)
3. alergii, astmie, atopowym zapaleniu skóry, katarze alergicznym, w trakcie odczulania
4. u wcześniaków, noworodków z niską masą ciała
5. u noworodków z żółtaczką
6. przy niedożywieniu
7. podawaniu antybiotyków, glikokortykosteroidów stosowanych ogólnie w niskich dawkach lub miejscowo
8. występowaniu drgawek w rodzinie
9. przy stabilnym stanie neurologicznym u dzieci z zespołem Downa lub z mózgowym porażeniem dziecięcym

Kontakt z osobą chorą zakaźnie nie stanowi przeciwwskazania do jakiegokolwiek szczepienia.